根据税务党校、进修学院和国际税务培训中心“三块牌子，一套机构”的体制，目前学校内设机构为： 行政管理部门二个，分别是办公室（院长办公室、财务处合署办公）、人力资源部（组织人事处、党委办公室、纪检监察办公室合署办公）。 教学管理与教学辅助部门四个，分别是教务处（继续教育处）；学员工作处；科研中心，下设图书馆、校刊编辑部；信息管理处，下设信息网络科（中心）、网络培训科（中心）、电教管理科（中心）。 教学研究部门三个，分别是教研一部，下设税收管理教研室、税务稽查教研室、涉税法律教研室、税收理论教研中心、涉税会计教研中心；教研二部，下设政治学教研室(反腐倡廉教研室)、管理学教研室、拓展训练教研室；教研三部，下设外文翻译教研室。 后勤保障部门一个，后勤处（后勤处与后勤服务中心合署办公），内设采购中心，副处级建制。
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